На данный момент известны следующие ошибки при удалении программы в Windows.
После удаления программы остаются некоторые файлы и папки. В случае удаления программы, эти оставшиеся файлы и папки придётся удалять вручную:
Перед удалением программы надо завершить её работу, если она была запущена. В случае, если перед удалением работа программы не была завершена - при удалении и на Windows 7, и на Windows XP из папки программы также не удаляются все устанавливаемые dll-файлы и исполняемый файл программы.
Что планируется сделать в следующих версияхПрежде всего, добавить в установщик плагин, останавливающий процесс программы, если она запущена. Это избавить от необходимости завершать работу программы перед удалением.
С неудаляющимися файлами ситуация сложнее - пока непонятно, почему вообще они не удаляются. Запуск в деинсталлятора в Windows 7 "от администратора" не помогает. Ответ планируется искать на форумах NSIS. Если вы умеете работать NSIS и можете что-то посоветовать по этому поводу - пишите в этом форуме или через форму контакта.